東京の空が轟音に包まれる。街の中心部、ビル群を越えた先に、黒くて大きな影が大地を揺らして進む。怪獣の名はメカゴジラ。一見、無機質なメタリックな体に包まれたこの怪物は、実はゴジラの骨格と人間の技術が融合した存在。彼の内面には生物的な意志が宿り、地球の守護者であるはずのゴジラに対する憎しみを抱いている。 戦闘の舞台は、スクランブル交差点の近くに設けられた人類の最終防衛線。小型の戦車や装甲車が並び、指揮官の指示を待つ。恐怖と決意を胸に抱えた兵士たちが、怪獣に立ち向かう覚悟を決めるのが感じられる。 「撃て！」と命令が下されると、戦車から発射された砲弾が猛然とメカゴジラに向かって飛んでいく。爆音とともに金属の弾丸がメカゴジラに直撃し、火花が散る。だが、反応は薄い。メカゴジラは一瞬立ち止まり、その後、低く唸るような声を上げる。「ギュオオオオン」と、怒りの咆哮が響き渡る。 まるでその咆哮に応えるように、メカゴジラはロケットのように加速し、両肩の発射台から無数の小型ミサイルを発射。空に舞い上がる弾丸は、無慈悲に街を焼き尽くす。市民たちの悲鳴が空に響く中、ビルが次々と崩れ落ちていく。 それでも人類の抵抗は続く。次は機龍3式が立ち上がる。初代ゴジラの骨格を流用した彼の姿は、黒い金属の輝きを放ち、相対する怪獣に対抗するための武器を備えている。高い機動性を持つ彼は、メカゴジラとの接触を果たすため前進する。 「メカゴジラ、撃破する！」その思考が行動に移される。 機龍3式の背部からは、レールガンが展開され、強力なエネルギーが流れ込む。次の瞬間、そのレールガンから放たれた光線が、メカゴジラの体に直撃。金属の体が悲鳴を上げ、振動が周囲に伝わる。しかし、メカゴジラはなおも立ち上がり、攻撃を続ける。 両者の接触、弾丸が飛び交う中で、メカゴジラの「ギォォォォォォン」との咆哮が響く。当たり前のように続く戦いに、人類はその恐怖を強く感じつつも、ただ前に進む。機龍3式は一瞬の隙を狙って、凄まじい勢いで接近し、両腕を振る。 メカゴジラとの接触が実現するやいなや、機龍3式はその力を存分に発揮する。ウィンウィンと鳴る音と同時に、機龍のロータークロウズが発動。水色の電撃を伴った攻撃がメカゴジラを襲う。メカゴジラはその攻撃を受けながらも、固い鋼の体を持っているため簡単には倒れない。 激しい戦闘が続く中、機龍3式の思いは高まる。あの巨大なゴジラと人類を脅かす仇敵に対抗するため、彼は必死に機動性を駆使する。「グォォォォォ」と、力強い唸り声を上げながら、機龍はメカゴジラの横をすり抜け、そのまま背部に取り付くように移動。 メカゴジラは反撃に出ようとするが、機龍は素早くその攻撃をかわし、周囲のビルを蹴破りながら再度接近。次の瞬間、背部の絶対零度砲アブソリュート・ゼロが展開され、強烈な冷気がメカゴジラに向けられる。 その瞬間、街全体が冷却される感覚が訪れる。凄まじい威力を持つ冷気がメカゴジラの金属の体を貫通するが、どこかで温もりを感じている彼は、ただひたすら逆襲を考える。 メカゴジラは背中のジェットを使って現状を打破。この煌めくメタルの巨人が空中に舞い上がり、そのまま力強いビームを口から放つ。赤い光線が機龍3式に突進する。 だが、機龍は意地でもそれを避ける。彼はその高い機動性をフルに活かし、瞬時に攻撃をかわす。だが、ならず者は見せしめのために、メカゴジラの新たな一撃を放ってくる。「ギュオオオオン」という声とともに、メカゴジラが再び全力を尽くす。 この時、戦闘は東京の街全体に広がり、破壊されたビルの残骸が街の隅々に散らばった。人々は、生き延びるために必死で逃げ回り、心の底から恐怖を感じる。だが、戦いは続く。両者は交互に攻撃し合い、周囲の環境も巻き込み大規模な戦場と化していく。 そして、最後の戦いが訪れる。機龍3式は全ての力を振り絞り、ストレートにメカゴジラの心臓部を狙う。メカゴジラはその攻撃を受け止めつつも、彼の中にはまだ闘志が渦巻いている。 「グガァァァァァ」、双方の命がけの攻撃の中、メカゴジラの体が揺れ動く。が、その体は今にも崩れ落ちそうだ。 メカゴジラがその弾丸から意志を感じ、最後の一撃を放つ。その轟音は東京の空に響き渡る。周囲の人間たちは恐怖で息を呑む。運命の瞬間が訪れる。機龍3式はその力を集約し、最後の一撃を見舞う。 一瞬、静寂が訪れ、次の瞬間、轟音と共に大爆発が発生する。メカゴジラは耐えきれず崩れ落ち、東京の地下に沈んでいく。その最期の刹那、機龍3式が空を見上げると、彼は勝利を宣言するように「ギァァァァァァ」と咆哮する。 そう、その甦るエネルギーの中で、メカゴジラの影は消え去り、平和の象徴とも言える機龍3式が見上げた空には、再びできた星々が息づく。東京の夜は、静かに平穏を迎えるのであった。